RA Al-Muttaqien menyelenggarakan berbagai kegiatan khusus untuk mendukung perkembangan pendidikan dan karakter santri, antara lain:
- Mengaji Tilawati/Al-Qur’an dengan bimbingan khusus, untuk memperdalam pemahaman dan penghayatan terhadap kitab suci Al-Qur’an.
- Ekskul Bahasa Inggris, yang bekerjasama dengan ILT (International Language Training) untuk mengenalkan bahasa internasional sejak dini.
- Praktek Sholat, sebagai bentuk implementasi pembelajaran agama yang aplikatif dan diterapkan dalam kehidupan sehari-hari.
- Pembelajaran di luar sekolah yang dilakukan sebulan sekali, untuk memberikan pengalaman langsung dan mendekatkan santri dengan lingkungan sosial.
